Toolkit for Homologous Editome & Syntactic Evolutionary Unified Screening
针对非模式多年生单子叶植物的标准化演化约束审计工具。解决 Pfam DYW 漏检、CDS 异构体冲突、C₄ 顺式元件功能分层等行业痛点。
⬇️ 下载 theseus.py (15KB)| 命令 | 功能 | 示例 |
|---|---|---|
annotate |
双策略 DYW 编辑型 PPR 定量 | python3 theseus.py annotate --proteome proteins.faa |
cis-scan |
多层顺式调控元件分类 | python3 theseus.py cis-scan --promoters pepc_promoters.fa |
omega |
GFF-CDS-蛋白全链路异构体验证 + codeml ω | python3 theseus.py omega --query dyw.faa --proteome target.faa --cds target.cds.fna |
| 层级 | 元件 | 功能 |
|---|---|---|
| 基础层 | ACGTG 核心, TATA, CAAT | ABA/干旱通用胁迫响应 |
| 中间层 | G-box (CACGTG) | 光响应，非 C₄ 特异 |
| C₄ 特化层 | ABRE 侧翼语法 + MESP-1 + DOF + GT-1 组合模块 | C₄ 叶肉特异性高表达 |
HMMER3 · MAFFT · pal2nal · PAML (codeml) · BLAST+ · Python 3.9+
You et al., The Procrustean Bed principle, submitted. Supplementary Note: THESEUS v1.0.
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